Sulla cassa dell'organo, sui pannelli anteriori ma non solo, e sulla parte interna della balaustra della balconata sono presenti innumerevoli graffiti, sicuramente realizzati con punte metalliche di vario tipo. Questi segni sono stati fatti dalle molte persone che nel corso del tempo hanno frequentato l'organo a vario titolo: organisti, organari ecc., pare che fosse una consuetudine per gli organisti quella di scrivere il proprio nome quando suonavano un organo per la prima volta. Infatti, durante il restauro, sono affiorati, accanto a quelli già evidenti, molte incisioni riproducenti nomi, date, volti ed anche un Giuseppe scritto alla rovescia (un emulo di Leonardo?) .
